Pada mulanya, hatchback Civic Si tiada dalam barisan model Civic tahun 1988, hanya CRX Si ditawarkan pada tahun tersebut. Walau bagaimanapun, pada tahun 1989, Civic Si hatchback telah diperkenalkan semula ke pasaran A.S.

Di Jepun, sebuah trim baru yang dikenali sebagai SiR telah diperkenalkan. Ia datang bersama dengan sebuah enjin B16A 1.6L DOHC VTEC 16-injap 4 lejang yang menghasilkan 160 PS (118 kW; 158 hp) pada 7,600 rpm. Enjin Honda B-Series pertama inilah yang menandakan pengenalan sistem variable valve timing and electronic lift control technology (VTEC) Honda.

Di Eropah pula, trim Si dikenali sebagai "1.6i-VT" yang menggunakan enjin B16A1 yang mempunyai redline 8,200 rpm dan menghasilkan 150 PS (110 kW), walau bagaimanapun ia tetap menghasilkan tork sama seperti B16 pasaran Jepun iaitu 111 lbf⋅ft (150 N⋅m). SiR automatik di Jepun turut mempunyai enjin yang sama.